Razlika med eksomejem in transkriptomom - Razlika Med

Razlika med eksomejem in transkriptomom

Theglavna razlika med exome in transkriptom je to exome je celotno zaporedje vseh eksonov v genu za kodiranje beljakovin v genomu, medtem ko je transkriptom zbirka molekul RNA, ki izhajajo iz genov, ki kodirajo proteine.Poleg tega eksome pokriva 1-2% celotne sekvence genoma, medtem ko transkriptom predstavlja manj kot 4% celotne RNA celice.

Eksome in transkriptomi sta dve zbirki zaporedij v genomu, ki kodira protein. Oba imata različne aplikacije v genomskih študijah in tudi pri diagnozi bolezni.

Pokrita ključna območja

1. Kaj je Exome
- Opredelitev, dejstva, tehnike
2. Kaj je transkriptom
- Opredelitev, dejstva, tehnike
3. Kakšne so podobnosti med eksomejem in transkriptomom
- oris skupnih funkcij
4. Kakšna je razlika med eksomejem in transkriptomom
- Primerjava ključnih razlik

Ključni pogoji 

Exon, Exome, mRNA, geni za kodiranje proteinov, transkriptom


Kaj je Exome

Exome je zbirka eksonov v genu, ki kodira beljakovine v genomu določenega organizma. Kodirna sekvenca genoma je združena v gene, ki jih lahko kodiramo za beljakovine ali RNA. V prokariontskem genomu kodirna sekvenca niso prekinjena z drugimi zaporedji, medtem ko je v evkariontskem genom kodirna sekvenca gena prekinjena z nekodirajočimi sekvencami, imenovanimi introni. Zato se gručasta kodna zaporedja imenujejo eksoni.


Slika 1: Exons in Introns

V genih, ki kodirajo proteine, RNA polimeraza transkribira introne in eksone v prekurzorsko mRNA med transkripcijo. Vgrajeni introni se odstranijo med naslednjimi post-transkripcijskimi modifikacijami. Glavna tehnologija, ki se uporablja pri študiji eksoma, je sekvenciranje celotnega eksoma (WES). WES sodeluje pri hibridizaciji fragmentirane DNK določenega genoma, da identificira sekvence ciljne DNA, ki ji sledi sekvenciranje.

Kaj je transkriptom?

Transkriptom je celoten nabor mRNA, izraženih v celici. Je manj kot 4% celotne RNA celice. Ker transkriptom določa sestavo proteoma, določa biokemično zmogljivost določene celice. Tudi transkriptoma določene celice ni mogoče sintetizirati in vedno pride do hčerinske celice iz starševske celice med delitvijo celic. Torej je transkripcija, ki je proces proizvodnje RNA, korak za vzdrževanje transkriptoma.


Slika 2: Transkriptom Pluripotentne celice

Po drugi strani, čeprav vsaka celica vsebuje informacije za proizvodnjo celotnega transkriptoma vrste, so ekspresijski geni v celici odvisni tudi od okoljskih dejavnikov. Dve glavni tehnologiji, ki se uporabljata pri proučevanju transkriptomov, sta mikromrež in RNA-seq.

Podobnosti med eksomejem in transkriptomom

  • Exome in transkriptom sta dva niza nukleotidnih sekvenc, ki jih najdemo v genomu.
  • Oba sta povezana z informacijami v genu, ki kodira beljakovine.
  • Sestavljeni so iz eksonov.

Razlika med eksomejem in transkriptomom

Opredelitev

Exome se nanaša na del genoma, ki ga sestavljajo eksoni, ki kodirajo informacije za sintezo beljakovin, medtem ko se transkriptom nanaša na vsoto vseh molekul RNA, izraženih v genih organizma. Glavna razlika med eksomom in transkriptomom je torej samoumevna iz te definicije.

Pomembnost

Zato je eksom celoten nabor eksonov v genu, ki kodira beljakovine, medtem ko je transkriptom celoten nabor mRNA, izraženih v celici.

DNA ali RNA

Tudi eksome sestavljajo DNA, medtem ko je transkriptom sestavljen iz RNA.

Znesek

Exome predstavlja 1-2% celotnega genoma, medtem ko transkriptom predstavlja manj kot 4% celotne RNA celice.

Raven

Druga razlika med eksomom in transkriptomom je, da je eksome v genomski ravni, medtem ko je transkriptom v stopnji transkripcije.

Tehnike

Poleg tega je celotno-exome sekvenciranje tehnika za določanje eksoma, medtem ko mikroarj in RNA-seq določata transkriptom.

Zaključek

Exome je celoten sklop eksonov v genomu, ki ga določa WES genoma. Zato je exome koncept, ki temelji na DNK. Toda transkriptom je koncept, ki temelji na RNA, saj je celoten nabor mRNA celice. Glavna razlika med exome in transkriptom je njihov koncept.

Sklic:

1. Warr, Amanda et al. »Exome Sequencing: trenutne in prihodnje perspektive.« G3: Genes | Genomes | Genetics 5.8 (2015): 1543–1550. PMC. Splet. 6. september 2018.