Razlika med proteomiko in transkriptomiko

The glavna razlika med proteomiko in trankriptomiko proteomika je študija celotnega niza beljakovin, ki jih proizvaja določen organizem, medtem ko je trankriptomika študija celotnega niza mRNA, ki ga

Razlika med proteomiko in transkriptomiko

Vsebina:

The glavna razlika med proteomiko in transkriptomiko proteomika je študija celotnega niza beljakovin, ki jih proizvaja določen organizem, medtem ko je transkriptomika študija celotnega niza mRNA, ki ga sintetizira določen organizem.

Proteomika in transkriptomika sta dve področji, na katerih se proučuje genska ekspresija določenega organizma.

Pokrita ključna območja

1. Kaj je proteomika
     – Definicija, dejstva, aplikacije
2. Kaj je transkriptomika
     – Definicija, dejstva, aplikacije
3. Kakšne so podobnosti med proteomiko in transkriptomiko
     – Oris skupnih funkcij
4. Kakšna je razlika med proteomiko in transkriptomiko
     – Primerjava ključnih razlik

Ključni pogoji

Aplikacije, mRNA, proteini, proteomika, tehnike, transkriptomika


Kaj je proteomika

Proteomika je obsežna študija proteomov. Proteom se nanaša na celoten sklop beljakovin, ki jih proizvaja določen organizem ali celica. Zato ima posebna vrsta organizma ali celice edinstven proteom. Glavna raziskovalna področja proteomike so naslednja.

  • 3D napovedovanje strukture beljakovin;
  • Odkrivanje lokacije in časa sinteze beljakovin;
  • Stopnje proizvodnje beljakovin, degradacija in stacionarno stanje;
  • Proteinske modifikacije, kot so posttranslacijske modifikacije;
  • Prevoz beljakovin med subceličnimi kompartmenti;
  • Vključevanje beljakovin v presnovne poti;
  • Medsebojno delovanje beljakovin.


    Slika 1: Primeri proteinskih struktur, ki so na voljo v PPP

V proteomskih študijah je vključenih več tehnologij, kot so masna spektroskopija in razlika v elektroforezi v gelu (DIGE).

Kaj je transkriptomika

Transkriptomika je proučevanje transkriptoma določenega organizma ali celice. Transkriptom se nanaša na celoten sklop mRNA v organizmu ali celici. Vendar se včasih nanaša tudi na celoten sklop RNA. Transcriptome se spreminja glede na okoljske pogoje, s katerimi se sooča organizem ali celica. Zato odraža nabor RNA, izražen v določenem času pod določenim sklopom pogojev. Transkriptomika vključuje preiskavo tako profiliranja izraza kot tudi analize variant rezine. DNA mikromreže in RNA Seq sta dve glavni tehnologiji, ki se uporabljata v transkriptomiki.


Slika 2: Microarray in RNA Seq

Podobnosti med proteomiko in transkriptomiko

  • Proteomika in transkriptomika sta dve vrsti polj, ki preučujeta gensko izražanje določenega organizma ali vrste celic.
  • Visoko prepustne tehnike se uporabljajo v proteomiki in transkriptomiki.

Razlika med proteomiko in transkriptomiko

Opredelitev

Proteomika se nanaša na preučevanje proteomov in njihovih funkcij, medtem ko se transkriptomika nanaša na preučevanje transkriptomov in njihovih funkcij.

Vrsta študije

Proteomika preučuje celotno množico izraženih proteinov, medtem ko transkriptomika preučuje celoten sklop mRNA, izražen v določenem organizmu.

Pojavi

Proteomika preučuje 3D strukturo in funkcijo proteinov ter interakcije beljakovin in proteinov, medtem ko transkriptomika preučuje strukturo zaporedja, interakcije z okoljem in aplikacije mRNA.

Tehnike

Proteomika vključuje masno spektroskopijo in diferenčno gelno elektroforezo (DIGE), medtem ko transcriptomics vključuje DNA mikromrež in RNA Seq kot tehniko.

Pomembna območja

Nekatera pomembna področja proteomike so razvoj podatkovne baze proteomov, kot sta SWISS-2DPAGE in razvoj programske opreme za računalniško podprto načrtovanje drog, medtem ko transcriptomics vključuje študijo celične diferenciacije, karcinogeneze, molekularnih mehanizmov in signalnih poti, ki nadzorujejo zgodnji razvoj zarodkov, biomarkerji za oceno tveganja zdravil ali kemikalij in sklepanje filogenetskih odnosov med posamezniki.

Zaključek

Proteomika je proučevanje celotnega niza beljakovin določenega organizma, medtem ko je transkriptomika študija celotnega niza mRNA organizma. Zato je glavna razlika med proteomiko in transkriptomiko vrsta študije.

Sklic:

1. “Kaj je proteomika?” Proteomika: uvod v vire EMBL-EBI, 8. junij 2016,