Razlika med RNA Seq in Microarray

The glavna razlika med RNA eq in microarray je, da ekvenca RNA (RNA equencing) omogoča analizo novih variant RNA in RNA, medtem ko mikromrež omogoča analizo trankriptoma z uporabo znanih RNA ond.. Pol

Razlika med RNA Seq in Microarray

Vsebina:

The glavna razlika med RNA Seq in microarray je, da Sekvenca RNA (RNA Sequencing) omogoča analizo novih variant RNA in RNA, medtem ko mikromrež omogoča analizo transkriptoma z uporabo znanih RNA sond.. Poleg tega je RNA Seq tehnika, ki temelji na sekvenciranju, mikroarj pa temelji na hibridizaciji.

RNA Seq in microarray sta dve tehniki, ki se uporabljata za analizo transkriptoma, kar je skupna mRNA, izražena v organizmu. Omogočajo določanje tipov molekul RNA, ki se tvorijo v določeni celični fazi.

Pokrita ključna območja

1. Kaj je RNA Seq
     – Definicija, proces, pomen
2. Kaj je Microarray
     – Definicija, proces, pomen
3. Kakšne so podobnosti med RNA Seq in Microarray
     – Oris skupnih funkcij
4. Kakšna je razlika med RNA Seq in Microarray
     – Primerjava ključnih razlik

Ključni pogoji

Analiza ekspresije genov, hibridizacija, mikromrež, RNA Seq, sekvenciranje


Kaj je RNA Seq

RNA Seq (RNK sekvenciranje) je tehnika, ki določa zaporedje molekul RNA v vzorcu. RNA Seq vključuje visoko zmogljivo zaporedje šibrovk v molekulah cDNA. cDNA dobimo iz reverzne transkripcije molekul RNA. Zaporedje naslednje generacije vključuje določitev zaporedja cDNA. RNA Seq omogoča določitev sekvence RNA in njihove relativne številčnosti.


Slika 1: Sekvenca RNA

RNA Seq je zelo zanesljiva tehnika s širokim razponom občutljivosti. Zato lahko zazna redke in nizke RNA sekvence. Edinstvena značilnost RNA Seq je njena sposobnost za identifikacijo novih RNA sekvenc in variant za spajanje.

Kaj je Microarray

Microarray je tehnika, ki se pogosto uporablja za analizo genskega izražanja določenega organizma. Uporablja definirane sonde, ki so hibridizirane z molekulami RNA v vzorcu. Enoverižne sonde so vezane na trdno površino, ki je znana kot čip, s katerim je hibridiziran fluorescenčno označen RNA vzorec. Podatki o sekvenci genomov se lahko uporabijo za oblikovanje sond.


Slika 2: Proces mikromrež

Za hiter in enostaven poskus mikroarj je najboljša tehnika pri analizi genske ekspresije. Vendar pa morajo biti sonde zasnovane tako, da zaznavajo tudi variante spajanja.

Podobnosti med RNA Seq in Microarray

  • RNA Seq in mikromrež sta dve tehniki, ki se uporabljata pri analizi genske ekspresije.
  • Lahko zaznajo vrste molekul RNA, ki so prisotne v vzorcu v določenem času.
  • Odvisne so od zaporedja RNA.
  • Obe tehniki lahko določita primarno zaporedje in relativno številčnost RNA v vzorcu.
  • Obnovljivost obeh tehnik je visoka.

Razlika med RNA Seq in Microarray

Opredelitev

Sekvenca RNA se nanaša na tehniko, ki temelji na sekvenciranju, ki zazna zaporedje RNA v vzorcu, medtem ko se mikromrež nanaša na tehniko na osnovi hibridizacije, ki se uporablja za zaznavanje prisotnosti specifičnih RNA sekvenc v vzorcu.

Temelji na

RNA Seq je tehnika, ki temelji na sekvenciranju, medtem ko je mikromrež hibridizacijska tehnika, ki se izvaja z obstoječimi sondami.

Prepoznavanje novih zaporedij

Sekvenca RNA lahko identificira nove RNA sekvence, ki so prisotne v vzorcu, medtem ko lahko mikromreža identificira le znane sekvence.

Občutljivost

Občutljivost RNA Seq je visoka, občutljivost mikromrež pa je razmeroma nizka.

Točnost

Točnost podatkov RNA Seq je visoka, medtem ko je natančnost podatkov o mikromrežah sorazmerno nizka.

Odkrivanje SNP

RNA Seq lahko identificira SNP, razen de novo SNP za RNA nizke številčnosti, medtem ko mikromrež ne more zaznati SNP-jev.

Stroški

RNA Seq je draga ($ 300 - $ 1000 / vzorec) zaradi obsežne bioinformatične analize, ki jo zahteva metoda, medtem ko je mikromrež cenejši (100-200 $ / vzorec).

Zaključek

RNA Seq je tehnika na osnovi sekvenciranja, ki se uporablja za določanje RNA sekvenc, prisotnih v transkriptomu, medtem ko mikromrež uporablja specifične sonde za odkrivanje prisotnosti določenih sekvenc v transkriptomu. Microarray ne more zaznati nobenih novih RNA sekvenc kot tudi manj bogatih RNA sekvenc. Toda v RNA Seq lahko identificiramo vse RNA sekvence v vzorcu. Glavna razlika med RNA Seq in mikromrežami je torej vrsta detekcije.

Sklic:

1. Kukurba, Kimberly R. in Stephen B. Montgomery. »Sekvenciranje in analiza RNA«. Protokoli Cold Spring Harbour 2015.11 (2015): 951–969. PMC. Splet. 3. julija 2018,